새 조사방식은 고소인과 피고소인이 서로 혐의 입증과 반론을 펼치도록 한 다음 검사가 이를 근거로 최종 처분을 내리는 형태다.

우선 고소인이 고소장을 제출하면 담당 검사가 고소장을 복사해 피고소인 측에 전달한다. 고소장을 받은 피고소인은 자신의 혐의를 부인할 경우 그에 대한 증거 등을 검사에게 제출하도록 하고 검사는 이를 다시 고소인에게 전달해 재반론을 펼치도록 한다. 이 같은 과정을 거치면서 축적된 증거와 정황 등을 종합해 검사는 최종 처분을 내린다. 

이에 앞서 검사는 고소인과 피고소인을 모두 불러 최종 진술을 듣는다.

새 조사방식의 가장 큰 특징은 피고소인이 피의자 신분으로 전환되지 않는다는 것이다. 피의자로 입건되지 않기 때문에 강제수사 등에 대한 염려 없이 자신의 주장을 충분히 펼칠 수 있게 된다.

검찰은 조사과정이 고소인과 피고소인에게 투명하게 공개돼 검사의 최종처분에 대한 신뢰가 높아지고 전관예우 문제도 극복될 것으로 기대하고 있다. 검찰은 시범운영 성과를 평가한 다음 새로운 조사방식의 전국 확대 실시 여부 등을 결정할 방침이다.