마포구청장으로부터 B사의 체납세액 부과·징수권한을 위임받은 서울시는 B사가 취득세 등 합계 2억3000여만원을 체납하자 B사의 과점주주인 A씨를 지방세기본법 제46조 2호에 따른 제2차 납세의무자로 지정했고, 2020년 7월 A씨에게 취득세 등 총 9500여만원을 납부하라고 통지했다. 이에 반발한 A씨는 소송을 냈다.

A씨는 "B사 사내이사로 취임한 후 곧바로 사임해 실질적으로 주식에 관한 권리를 행사한 바가 없다"며 "실질주주임을 전제로 한 서울시의 처분은 위법하다"고 주장했다.



주식회사 발행주식 중 40%를 취득하고 있더라도 실질적으로 주주권을 행사하지 않았다면 과점주주로 볼 수 없어 간주취득세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다.

서울행정법원 행정5부(재판장 정상규 부장판사)는 A씨가 서울특별시장을 상대로 낸 취득세 등 부과처분 취소소송(2020구합77572)에서 최근 원고승소 판결했다.  

주거용 건물 개발 및 공급업을 주로 하는 B사는 2016년 11월 서울 마포구 토지를 취득하고, 마포구청장에게 주택건설용 일반세율을 적용한 취득세 등 총 1억8000여만원을 신고·납부했다.

그런데, 마포구청장은 2018년 7월 "B사는 2017년 11월 해당 토지를 매각해 지방세법 제13조 3항에 따른 취득세 중과세율 추징요건이 성립됐다"며 취득세 및 지방교육세 등 총 1억9000여만원을 부과·고지했다.

한편, B사 대표이사의 친누나인 A씨는 B사 발행주식 30만 주 중 40%인 12만 주를 가지고 있었고 주주명부에 등재돼 있었다.  

재판부는 "이미 법인이 취득세를 부담했는데 과점주주에 대해 다시 동일한 과세물건을 대상으로 간주취득세를 부과하는 것은 이중과세에 해당할 수 있기 때문에, (모든 과점주주에게 간주취득세를 부과해서는 안 되고) 의결권 등을 통해 주주권을 실질적으로 행사해 법인의 운영을 사실상 지배할 수 있는 과점주주에게만 간주취득세를 부과하는 것으로 지방세법 제7조 제5항을 제한해 해석해야 한다"며 "주주명부에 과점주주에 해당하는 주식을 취득한 것으로 기재됐다고 하더라도 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사해 법인의 운영을 지배할 수 없었던 경우에는 간주취득세를 낼 의무를 지지 않는다"고 밝혔다.

이어 "서울시는 A씨가 2015~2017년 B사로부터 일정한 급여를 송금받아 실질주주에 해당한다고 주장하지만, 급여로 평가하기엔 송금 일시가 상당히 불규칙하고 송금액도 일정치 않으며 원천징수내역과도 일치하지 않는 등 실제 근로 제공을 전제로 한 실질적인 급여라고 단정하기 어렵다"며 "A씨가 B사의 재산을 임의처분하거나 관리·운용할 수 있는 지위에 있었다거나 의결권 행사 등을 통해 주주권을 실질적으로 행사할 수 있는 지위에 있었다고 볼 객관적인 사정을 찾아보기 어렵다"고 설명했다.

그러면서 "A씨를 간주취득세 등을 부담하는 과점주주라고 할 수 없다"며 "A씨를 과점주주로 전제한 서울시의 처분은 위법해 취소돼야 한다"고 판시했다.