등기선례 7-206호와 아래 내용과 같은 등기선례 6-245호(건축물대장이 작성되어 있지 아니한 건물에 대한 소유권이전등기절차)가 제정된 것으로 보입니다

"건물에 대한 소유권보존등기는 되어 있으나 무허가 등으로 건축물대장이 작성되어 있지 아니하여 건축물대장등본을 발급 받을 수 없는 경우 등기할 건축물이 건축물대장에 등재되지 않았다는 사실 및 부동산의 표시를 소명할 수 있는 시·군·구·읍·면의 장의 확인서(건축물대장무등재증명원 등)를 첨부하면 건축물대장등본의 첨부 없이 소유권이전등기를 신청할 수 있다." 

서울 중구청의 경우 토지관리과에 찾아가서 건축물대장 무등재 민원신청하면 그 자리에서 첨부와 같은 공문을 발급해주고 이를 교부받아 등기신청서에 첨부하면 됩니다.