비상장주식을 상속·증여 받은 경우 과세당국은 비상장주식의 시가를 따져서 상속세나 증여세를 계산한다. 세법은 시가를 ‘불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액’으로 정하고 있으나 비상장주식은 특성상 거래가 거의 이뤄지지 않기 때문에 시가가 형성돼 있지 않은 경우가 대부분이다. 이런 경우에는 세법에서 보충적평가방법이라고 하여 순손익가치와 순자산가치를 3:2로 가중평균한 가액(부동산 과다보유법인은 2:3의 비율)을 시가로 보도록 하고 있다.보충적평가방법을 조금 더 살펴보면 최근 3개년의 순이익을 가중평균한 금액의 10배를 순손익가치로 계산하고 평가기준일 현재 순자산가액을 순자산가치로 평가한다. 일반적인 경우는 순손익가치와 순자산가치를 3:2로 가중평균한 금액을 주식수로 나눠 주당 보충적평가액을 산정하는데 자산중 부동산이 차지하는 비율이 50%를 초과하는 부동산과다보유법인은 순손익가치와 순자산가치를 2:3으로 가중평균해서 계산한다. 다만 순손익가치를 반영하기 곤란한 사업개시 3년 미만의 법인 및 휴·폐업중인 법인 직전 3개년 연속 결손법인 등은 순자산가치로만 평가하도록 하고 있다.또 순손익가치나 순자산가치가 일시적으로 음수로 계산되는 경우에는 그 금액을 0으로 보기 때문에 평가기준일 현재 법인의 부채가 자산보다 많아서 완전자본잠식이 된 상태라고 하더라도 순손익가치의 60%만큼은 주식의 보충적평가액으로 산출될 수 있다.한편 상속받거나 증여받은 재산 중 부동산과 유가증권이 상속받거나 증여받은 재산의 50%를 초과하고 납부할세액이 2천만원을 넘는 경우에는 물납(현금이 아닌 부동산과 유가증권으로 세금을 납부하는 것)을 신청할 수 있다. 단 유가증권 중 비상장주식은 원칙적으로 물납대상에서 제외된다. 또 상속에 한해서 다른 상속재산이 없거나 다른재산으로 세금을 전액 납부할 수 없는 경우에만 예외적으로 비상장주식의 물납이 가능하다. 비상장주식의 물납을 원칙적으로 금지한 이유는 물납으로 받은 비상장주식을 처분해서 국고로 환수되는 비율이 너무 낮기 때문인 것으로 보인다. 가령 2008~2013년의 평균적인 환수율은 약 57%에 그쳤다.납세자에게 세금을 부과할때는 세법에서 정한 평가액을 기준으로 부과하고 세금을 받을때는 예외적인 경우에만 비상장주식으로 받겠다는 것은 정당하지 않은 것으로 보인다. 이는 비상장주식의 평가액이 현실적인 시가보다 높다는 것을 인정하는 셈인 것이다. 세금부과기준액과 세금납부액이 동일한 가치가 되기 위해서는 비상장주식의 평가방법을 개선하거나 예외 없이 현금과 동일하게 비상장주식으로 세금을 납부할 수 있게 해줘야 할 것이다.